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La planificación estratégica del sistema de la CEPAL se rige por un ciclo anual (en fase de prueba) y se detalla esencialmente en el Plan de trabajo. En este, los Estados miembros de la Comisión definen y establecen la estructura programática y las prioridades para cada año, así como la base legislativa que sustenta el mandato institucional, particularmente el cuerpo legal de decisiones y resoluciones intergubernamentales que emiten regularmente la Asamblea General de las Naciones Unidas, el Consejo Económico y Social (instancia a la que la CEPAL rinde cuentas directamente) y los Estados miembros de la Comisión en su período de sesiones o en su reunión de Comité Plenario.
Además de ofrecer guía normativa a la CEPAL, la propuesta de plan de trabajo es el primer paso del ciclo de planificación de los programas y sirve de base para la planificación, la elaboración del presupuesto anual, la supervisión y la evaluación. En el documento se establece la visión de las Naciones Unidas y de la Comisión dentro del sistema de las Naciones Unidas, sus objetivos, estrategias y modalidades de acción.
En el documento se presenta, para cada uno de los subprogramas, objetivos claros, análisis temáticos, estrategias, y actividades. Finalmente, se adjunta una lista de las resoluciones y decisiones más relevantes adoptadas por la Asamblea General, el Consejo Económico y Social y la Comisión o su Comité Plenario.
La propuesta de plan de trabajo se somete a consulta previa del período de sesiones (o su comité Plenario en los años alternos) como órgano de gobierno de la Comisión a nivel regional.
La preparación de la propuesta de plan de trabajo, comienza más de dos años antes del inicio del año correspondiente. Para atenuar los efectos de este desfase temporal en el momento de la implementación, la CEPAL ha establecido como práctica habitual la realización de rondas de planificación estratégica semestrales entre la Secretaría Ejecutiva y el cuerpo técnico superior de las entidades de la CEPAL encargadas de la implementación de cada subprograma (actualmente se compone de 13 subprogramas). Con ello se busca actualizar regularmente las prioridades acordadas, ajustar los compromisos programáticos adquiridos y establecer acuerdos sobre modalidades específicas de implementación del programa.