A presença da CEPAL no Brasil teve início com um acordo de colaboração entre a CEPAL e o BNDES, em outubro de 1952, quando foi criado o Grupo Misto de Estudos CEPAL/BNDES. Em setembro de 1960 foi instalado o Centro de Desenvolvimento Econômico CEPAL/BNDES no Rio de Janeiro, considerado a primeira representação formal da CEPAL no Brasil. Na segunda metade da década de 60 houve desvinculação do programa ao BNDES e, em 1968, foi instalado, ainda no Rio de Janeiro, o Escritório Regional CEPAL/ILPES no Brasil. O Escritório foi transferido para Brasília em 1978, a partir de um acordo entre a CEPAL, o governo brasileiro e o Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada - IPEA.
Desde então o Escritório no Brasil tem mantido, além do acordo com o IPEA, acordos de cooperação técnica em temas do desenvolvimento com órgãos da administração federal, destacando o Ministério do Meio Ambiente em estudos sobre o desenvolvimento sustentável, Ministério da Ciência e Tecnologia, assim como acordos com agências de cooperação e governos de outros países.
O Escritório divulga também, os cursos oferecidos pelo Sistema CEPAL em sua sede no Chile, e em outros países, coordena a realização de cursos de capacitação técnica e treinamento oferecidos no Brasil pela Instituição e dissemina informações sobre suas atividades e publicações. O atual Diretor do Escritório da CEPAL em Brasília é o brasileiro Carlos Mussi.